郑贵妃召见叶向高，想要说服其延迟福王之国的时间，向高拒绝。陈矩为向高求情，被皇帝关押。
酒馆中，文中与东林党人相谈甚欢。太后召见皇帝，以各藩王尚不能擅自进京向太后祝寿为由，点醒了皇帝。
太后病逝，皇帝悲痛不已，郑贵妃强词夺理，惹怒了皇帝。
国舅贿赂陈矩，请求其向皇帝为郑氏美言。福王启程前往蕃地，临行前，父子话别。
明宫谜案第17集剧情介绍郑妃眼看福王离京，心中许愿报复。郑国泰与锦衣卫都督李如桢合谋借找玉萍之事扳倒文中，使太子失去羽翼。
郑贵妃向皇帝状告文中与玉萍失踪有关。陈矩托叶向高询问文中玉萍失踪一事，文中如实相告。
向高提议文中以回乡省亲为由，暂避风头。沈令誉告之文中玉萍已落脚南京，文中赶往。
客栈之中，文中偶遇陈矩派来保护他的余子介。
明宫谜案第18集剧情介绍李如桢严刑逼供沈令誉，要其说出玉萍下落。余子介一路跟随文中，夜晚同宿客栈。
陈矩带走牢里已昏迷的沈令誉并救活他，同时喂其吃下哑药。文中主仆半路遇李如桢部下劫持，余子介赶来救下，玉萍同时赶到。
玉萍同意随文中回江夏成亲。郑贵妃告知皇帝陈矩没按皇旨办事，皇帝下令将其革职，发配南海子，同时准许叶向高告老还乡。
明宫谜案第19集剧情介绍郑贵妃派太监刘成半路截杀陈矩，余子介赶来营救。
崔文升托太监李进忠寻到一位武功高强之人为郑贵妃效命，并同意以太子儿子的奶娘客氏与进忠对食作为交换条件。
文中玉萍看望恩师郭正域，诉说变故。农夫张差手持木棍夜闯太子行宫，被当成刺客抓了起来，案件扑朔迷离，审讯官欲以张差有疯癫之症平息此案。
众大臣不满，纷纷上书要求彻查。
明宫谜案第20集剧情介绍皇帝派人找回陈矩商量张差执木棍“梃击”一案。陈矩建议皇帝赦免文中玉萍，邀其回京辅佐太子，皇帝应允。
皇帝让郑贵妃向太子认错以平息群臣议论，郑贵妃无奈答应。文中玉萍来到汉口沈令誉师兄刘璞家中暂住。
陈矩告之内阁大臣方从哲、吴道南皇帝旨在平息此案，同时给皇帝带来张差明日宣判斩立决的消息，皇帝方才松一口气。