封格格跑到高飞住所通知高飞司令部是个陷阱，却来晚了一步。幸好高飞识破了卢定军的诡计，带着沈冰离开了司令部。封格格赶去救高飞的路上遇到了返回住所的高飞带着沈冰，她不禁地心生失落。
沈冰将刘远被卢定军关押刘远的消息报告给上司戴局长，于是军统立即下令叫卢定军将刘远以火车运往重庆。而灵儿收到了铁面人的命令叫沈冰劫持刘远。高飞和沈冰等人拦截运送刘远的汽车，双方展开交战，沈冰带着蒙着头的犯人刘远逃跑，为了完成任务她誓与高飞决裂。高飞放走了沈冰等人，因为他早已料到蒙着头的并不是真刘远。果真，他收到了封格格的消息，立马赶往顺清王府去找真刘远。
卢定军和沈燕茹等人在顺清王府遭遇埋伏，高飞和封格格等人赶去时，卢定军等人早已撤离，空无一人。高飞根据现场碑文分析得出结论，刘远留下的线索并不是什么密码而是九宫图。终于，高飞发现了一个神秘的地下密道。
高飞等人走进密道，与早已埋伏着的一伙黑衣人交战周旋。此时，真的刘远和他的妻子却被铁面人关在了地牢里。铁面人自称军统局站长要刘远交代军火的所在地。
刘远向铁面人交代了军火库的秘密是特洛伊计划——利用细菌武器毁灭整个龙城，而打开军火库的两把钥匙，分别的秋田真吉和高飞手里。高飞经过一番推理终于发现了打开军火大门的钥匙孔。而此时刘远刚道出打开大门需两把钥匙共同打开，否者后果不堪设想，不知真相的高飞，却正把他手里的那把钥匙放进了钥匙孔里。
特工003第11集剧情介绍高飞和金小班及时发现了大门的玄机，躲过一劫。众人逃出密道后，封格格突然晕倒，高飞抱起封格格和小班、贺敏离开，却被在高处埋伏的沈冰发现，沈冰心生醋意，但还是为高飞等人一路护航，射杀埋伏在地下的黑衣杀手，高飞等人顺利逃生。
沈燕茹受伤面临昏迷或瘫痪的危险，卢定军紧张又担心。此时，高飞正和金小班、贺敏计划着找到另一把钥匙。而铁面人却命令沈冰杀掉高飞拿到他身上的那把钥匙。
卢定军在病床前伤心落泪，终于等到了爱人沈燕茹的苏醒，同时命人打探劫走刘远的人是什么身份。而军统站长正暗中派人找解锁工匠打开军火库大门。
沈冰孤身来到高飞的住所，她告知高飞刘远死了的消息，并却说高飞退出，高飞断然拒绝，二人不欢而散。
龙城站长告知军统上级特洛伊计划，随后，卢定军便收到了重庆方面的电文。卢定军立马致电张光墨准备下一步计划。而此时，高飞正根据卢定军接手龙城前后的地图推断出关键人物张光墨。为得到更多资料，高飞在封格格的帮助下与贺光辉见面，果然，日本军事基地的所有资料都在张光墨师部的机要室里。
沈冰正和灵儿偷偷查探刘远的下落，却无意间发现刘远却被突然冒出的一伙人射杀。军统站长收到了刘远和解锁专家被被忍者射杀的消息。沈冰跟上级提出启用高飞协助她完成任务的建议。
高飞和金小班准备夜探机要室，而张光墨正交代下属加紧防备。贺敏发现封格格发烧，出门去买退烧药遇到了父亲贺光辉。就在此时，高飞刚要打开机要室的大门，警报突然响起。
特工003第12集剧情介绍高飞正与敌军发生激烈的枪战，另一边，贺光辉交代女儿贺敏要好好监视高飞，不要参杂个人感情。高飞在金小班的接应下，终于安全回到住所，贺敏却因高飞关心封格格而吃醋。
龙城站长一方面派人抢夺高飞手中的钥匙，另一方面查找秋田的下落。此时，封格格收到情报重庆方面又派了一个巡查专员来龙城。张光墨加强警戒，高飞无从下手，只能等待时机。
军统特工查探秋田消息未果，捕杀高飞也未能成功。龙城军统站长大怒，但又因发现高飞有打开军火库的能力和钥匙，于是军统决定利用沈冰控制住高飞。
封格格去药店抓药遇上土匪调戏，有病在身的格格无力还击，幸亏高飞及时赶到救她离去。封格格告知高飞重庆专员即将到来的消息，于是高飞为治好封格格的病，决定和金小班利用这个机会去军方偷“奎宁”。
卢定军收到了重庆会派一个周专员来龙城新风车站的消息，决定派顾明埋伏抓捕。却不料高飞假扮卢定军的副官抢先把周专员劫持走。随后，高飞假扮周专员与封格格等人来到了张光墨的师部巡查。在车站守候的卢定军见专员迟迟不到，突然想起清剿日军基地时日军留下的重要资料，决定去机要室查看。
张光墨想通知卢定军重庆专员的到来，却发现卢定军不在。张光墨专门为专员高飞摆起了接风宴，席间，他端起酒杯敬酒，却被高飞断然拒绝。