高飞和金小班及时发现了大门的玄机，躲过一劫。众人逃出密道后，封格格突然晕倒，高飞抱起封格格和小班、贺敏离开，却被在高处埋伏的沈冰发现，沈冰心生醋意，但还是为高飞等人一路护航，射杀埋伏在地下的黑衣杀手，高飞等人顺利逃生。
沈燕茹受伤面临昏迷或瘫痪的危险，卢定军紧张又担心。此时，高飞正和金小班、贺敏计划着找到另一把钥匙。而铁面人却命令沈冰杀掉高飞拿到他身上的那把钥匙。
卢定军在病床前伤心落泪，终于等到了爱人沈燕茹的苏醒，同时命人打探劫走刘远的人是什么身份。而军统站长正暗中派人找解锁工匠打开军火库大门。
沈冰孤身来到高飞的住所，她告知高飞刘远死了的消息，并却说高飞退出，高飞断然拒绝，二人不欢而散。
龙城站长告知军统上级特洛伊计划，随后，卢定军便收到了重庆方面的电文。卢定军立马致电张光墨准备下一步计划。而此时，高飞正根据卢定军接手龙城前后的地图推断出关键人物张光墨。为得到更多资料，高飞在封格格的帮助下与贺光辉见面，果然，日本军事基地的所有资料都在张光墨师部的机要室里。
沈冰正和灵儿偷偷查探刘远的下落，却无意间发现刘远却被突然冒出的一伙人射杀。军统站长收到了刘远和解锁专家被被忍者射杀的消息。沈冰跟上级提出启用高飞协助她完成任务的建议。
高飞和金小班准备夜探机要室，而张光墨正交代下属加紧防备。贺敏发现封格格发烧，出门去买退烧药遇到了父亲贺光辉。就在此时，高飞刚要打开机要室的大门，警报突然响起。
密战龙城第12集剧情介绍高飞正与敌军发生激烈的枪战，另一边，贺光辉交代女儿贺敏要好好监视高飞，不要参杂个人感情。高飞在金小班的接应下，终于安全回到住所，贺敏却因高飞关心封格格而吃醋。
龙城站长一方面派人抢夺高飞手中的钥匙，另一方面查找秋田的下落。此时，封格格收到情报重庆方面又派了一个巡查专员来龙城。张光墨加强警戒，高飞无从下手，只能等待时机。
军统特工查探秋田消息未果，捕杀高飞也未能成功。龙城军统站长大怒，但又因发现高飞有打开军火库的能力和钥匙，于是军统决定利用沈冰控制住高飞。
封格格去药店抓药遇上土匪调戏，有病在身的格格无力还击，幸亏高飞及时赶到救她离去。封格格告知高飞重庆专员即将到来的消息，于是高飞为治好封格格的病，决定和金小班利用这个机会去军方偷“奎宁”。
卢定军收到了重庆会派一个周专员来龙城新风车站的消息，决定派顾明埋伏抓捕。却不料高飞假扮卢定军的副官抢先把周专员劫持走。随后，高飞假扮周专员与封格格等人来到了张光墨的师部巡查。在车站守候的卢定军见专员迟迟不到，突然想起清剿日军基地时日军留下的重要资料，决定去机要室查看。
张光墨想通知卢定军重庆专员的到来，却发现卢定军不在。张光墨专门为专员高飞摆起了接风宴，席间，他端起酒杯敬酒，却被高飞断然拒绝。
密战龙城第13集剧情介绍高飞在酒桌上和张光墨等人推心置腹告之上级要彻查他们，另一边，卢定军收到了重庆专员到张光墨师部的消息，正赶往师部。张光墨对高飞的话深信不疑，为保命他将高飞带到了机要室查看。高飞将张光墨支开去给专员夫人封格格送奎宁。高飞和金小班成功获取日军留下的重要资料，准备离开之时，却不料被张光墨强留住等待卢定军的到来。
高飞等人被困师部，紧张而焦急，幸亏贺敏出招，封格格假装晕倒被送往医院，众人顺利逃出师部。卢定军赶来师部才发现他们上了高飞的当，于是立马命人追捕高飞。高飞等人与卢定军的队伍交战中，沈冰在暗中协助。
高飞在机要室获取的资料中发现了日军在军火库制造细菌武器的秘密。军统站长发现沈冰瞒着高飞给他生了个女儿，于是他们启动了下一步计划。
重庆周专员等人逃走直奔司令部去声讨卢定军，反被卢定军当场射杀。高飞与贺光辉街头，决定下一步从地下暗道着手。军统特工暗中监视高飞的举动，发现高飞与云雨轩的关系不一般，于是决定启用沈冰。
卢定军方面发现高飞在云雨轩，派人前去逮捕高飞。此时，沈冰收到了铁面人的一份神秘指示：高飞在云雨轩有危险，沈冰手里的东西才能救他一命。沈冰立马开车前往营救，满心的担心和关切写在脸上。而高飞这时发现了卢定军带着大队人马已将云雨轩包围。