胡雪莉在刘维娜的手掌上发现了一枚私章。包正带着图章的样式去见了刘方。本来刘方还说没有用但突然想到一个问题，往银行打了电话。刘方问自己太太的信托基金怎么样，基金出了问题。
刘方告诉包正娜娜的妈妈在去世前留给了刘维娜200万资金，20岁以后便可以用图章解禁。刘方认为凶手一定是为了钱才杀的刘维娜。包正不这么认为，认为凶手并不是为钱，如果是为钱的话可以不用杀刘维娜因为钱已经到手了，包正指凶手是为了刘方保险柜里其它东西。刘方脸色变了，包正继续追问是什么让他就算刘维娜死了还要保守这个秘密。刘方告诉包正这不是他能做主的，包正让刘方带自己去见能做主的。
刘方带包正去见了海军上将。将军告诉包正这涉嫌国家机密，包正还没有这个权利。包正告诉将军如果再耽误下去损失的不止是刘维娜还包括他。包正怒气冲冲的回到的警局宣布案不管了。公孙泽到包正办公室还要和他谈谈案子的情况。包正把今天在海军上将那吃瘪的事告诉了公孙泽。东东口吃的韩叔叔曾经被秦晓莲救过命。东东缠着韩叔叔问自己还能不能再见到妈妈。韩叔叔告诉他不一定。
公孙泽回家时傻了，包正把所有人拉到家里来开化妆舞会。包正带人在搞舞会时被人监视了。这时的刘家又有人想要偷保险柜里的东西，来人刚要动手灯突然亮了。包正，公孙泽和刘方都在，更意外的是来偷东西的人竟然是陈世美。而看到陈世美时唯一不惊讶的便是包正。包正蓝信人事件都是陈世美一手策划，第一个遇害人赵小曼完全是无辜的牺牲品却达到3个目的。第一引起警方注意，第二诱导警方定为情杀，第三也是最重要的一点，通过赵小曼的案件警方会找到陈世美，陈世美便可以用自己的计划炸死自己。包正是从呕吐物和银针发现了疑点。
陈世美被炸死后便成了隐形行，至于秦晓莲事件只是陈世美故意做给人看的。直到刘维娜死后包正才想明白，陈世美的目的就是刘方保险柜中的绝密档案。保险柜中是海军要建造巡洋舰的图纸和档案。陈世美是为了个人的利益要盗取档案和图纸。陈世美曾打开过保险柜但没有发现图纸，所以陈世美才会炸死自己。陈世美想到了东西一定是放在书房保险柜中，于是陈世美决定拉刘维娜入伙。
陈世美利用刘维娜知道了保险柜的密码，在陈世美打开保险柜时没想到被刘维娜发现，白昼陈世美杀了刘维娜。包正猜陈世美会监视警方并且再次行动，所以才会假意生气并且开舞会。包正的推理很精彩但是陈世美指出警方根本没有证据。包正目的确实还没有证据但是以涉嫌谋杀替死鬼包正抓了陈世美。陈世美被带回了警局。陈世美什么都不说并提出如果没有证据只能扣押自己24小时。
新神探联盟之包大人来了第7集剧情介绍包正和公孙泽说陈世美偷档案一定是有什么买主的，陈世美受雇于什么组织也是追查重点，并且绑架东东也一定是他的意思。现在抓到陈世美他的买家一定会有所行动，倒是可以利用这一点。秦晓莲来警局求陈世美放了东东，但陈世美根本不在乎东东的死活。警局的人都为秦晓莲不值，秦晓莲很担心东东，两天没吃药了。秦晓莲求警局的人一定要找到东东。此时的东东和韩叔叔在一起时突然病发流了鼻血。
刘方来警局要见了陈世美。陈世美见了刘方后很激动的说他和刘维娜一样根本看不起自己，恨刘方，恨刘维娜。就快要到放了陈世美的时间，包正拿出一堆特种兵的档案告诉众人帮助陈世美的人一定要档案中。这时老王向公孙泽满后，那把匕首就只有一个叫韩琦的人找不到。陈世美在警局的房间内接到一张纸条告诉他行动即将开始，令郎性命就在他手，生天死地。陈世美假意要见律师回了电话选择了地。
韩琦接到了命令做掉东东。韩琦不相信陈世美会做出这种选择。韩琦假扮陈世美的律师去了警局。两人用写字的方式，韩琦对陈世美说那可是你的儿子。陈世美回说他死好过我死。展超和老马查到韩琦要租住陕西路的房子。这时组织的阿伊已经让韩琦干掉东东。韩琦下不去手为了东东和阿伊打起来。阿伊告诉韩琦他只是个杀手，杀手就是要执行命令。韩琦依然保护着东东。在外的展超和老马听到枪志也赶了过来。但韩琦为了保护东东已经中枪，阿伊跑了。韩琦让展超赶紧送东东去医院。
包正认为还有更重要的问题他们为什么要抓东东而且非要杀了东东。包正问展超那天和韩琦交手时发生了什么。公孙泽猜测应该是东东看到了什么不该看到的东西。东东醒来后公孙泽问东东发生过什么奇怪的问题事。东东想到了在船场自己捡了样东西。在东东的文具盒竟然是雷管。这下包正明白了韩琦是通过陈世美往船厂里送炸药。现在船厂一定有大量炸药。这时老马回来搜查过韩琦的信息后发现了伪造的海军部特别通行证。
包正立刻给刘方打电话问船厂有没有什么大的活动。刘方告诉包正海军部会陪同专家到船厂视察。包正立刻提醒刘方船厂有危险立刻离开。包正，公孙泽等人赶到船厂时正好和杀手组织的人打起来并且成功抓了阿伊。陈世美看到阿伊被抓立刻愿意转做污点证人并愿意说出谁是幕后主使人。陈世美说出收买他的人是一个神秘的组织，他们太强大了，只要可以减刑自己愿意说出一切。
陈世美被带上囚车时突然发生爆炸，陈世美死了。秦晓莲准备带着东东回家，刘方来了，刘方对秦晓莲说以后自己就是东东的爷爷，会给他最好的一切。