雷思成秘密地将肖秀萌约到宾馆的房间见面，询问肖秀萌的近况并表示自己现在的生活很幸福，也希望肖秀萌也能幸福生活，自己可以尽所能帮助她，并提出要帮助肖秀萌找份工作，以缓解肖家的窘境，肖秀萌拒绝了。两人这次的见面，被宾馆的监控器无意中拍到。经多次检查肖父被诊断为肠梗阻，开刀后腹中肿块竟然消失得无影无踪，肖秀萌大闹医院。
面对肖家出现怪事，邻里传出谣言。看着大家一个个唯恐避之不及，肖秀萌哑然，心痛不已。雷思成趁孟子凡离开之际，来医院看望肖家，蕾蕾对雷思成产生好奇。吴晓霜与周飞扬私下调查药厂职工的体检档案，发现其中患癌症的比例明显上升;而孟子凡早已开始着手“浠水市癌症多发之现状”的课题研究。李洪刚顿感不安，委派黄明哲探明吴晓霜的意图。
在黄明哲苦口婆心的劝说下，吴晓霜不为所动;李洪刚又提出聘请孟子凡作药厂顾问，孟子凡也婉言谢绝。李洪刚看着自己的措施无一达成，便命高华严密监控三个人的一举一动。
深呼吸第6集剧情介绍孟子凡终于找到肖父的病因是砷中毒，由于长期饮用被污染的水;而这个事实，让孟子凡内心忐忑不安，因为极风药业的一点风吹草动都会威胁到丈夫的政治前途。雷思成却相信自己扶植起来的李洪刚和极风药业是不会做出这种伤天害理的事情。此时，周飞扬收到一封匿名信，将矛头指向极风药业对生活用水的污染，揭露其兴师动众建造的地下水管道只是个摆设，目的是转移大众视线。
吴晓霜怀疑是药厂宿舍区的生活用水被污染导致了肖父身患怪病，便动员肖秀萌作她的委托人，就可以堂而皇之地对极风药业开展调查。肖秀萌对吴晓霜的话半信半疑，便深夜跑到雷家咨询孟子凡是否因为药厂的污染才导致亲人生病。雷思成无意中听到，便开始着手调查三年前极风药业修建地下水管道工程的资料，这一举动让李洪刚突感意外。肖父腹痛复发，因病不治身亡。
深呼吸第7集剧情介绍孟子凡为了搞清药厂的生活用水是否受到污染，以答应李洪刚做药理顾问为名，私下对药厂的生活、工业用水作了多处抽样化验，并没有发现任何污染的迹象。原来李洪刚在当年修建地下管道时偷偷做了手脚。孟子凡和雷思成被李洪刚制造的假象所蒙蔽。蕾蕾学习成绩直线下降，常常出现疲惫无力、头晕恶心的症状，起初肖秀萌并未在意，直到蕾蕾突然昏倒。
因为先前两位老人就没有从医院里走出来，肖秀萌不敢再将蕾蕾送进医院。情急之中，肖秀萌想到了孟子凡。雷思成跟随孟子凡来到肖家看望蕾蕾，肖家的残破使雷思成心中隐隐悲伤。而孟子凡看过蕾蕾之后，让肖秀萌立刻将蕾蕾送进医院，肖秀萌终于意识到问题的严重性。
深呼吸第8集剧情介绍看着家人相继出现问题，肖秀萌慢慢相信吴晓霜的推断确有道理。肖秀萌向孟子凡询问，是不是喝了被污染的水人就会生病，孟子凡肯定极风药厂的水没有被污染，因为自己已经做过化验。这引起吴晓霜的怀疑，孟子凡为什么会去化验药厂的水源。由于立场不同，导致吴晓霜与孟子凡之间绵里藏针。
雷思成收到一份匿名送来的污染企业名单，极风药业赫然位于首位，环保局长谢重天奉命核实此事，而高华却不把谢重天放在眼里，态度极其傲慢。吴晓霜从黄明哲口中了解到孟子凡的丈夫就是雷思成，而极风药业又是雷思成的政绩所在。吴晓霜坚信孟子凡的化验是官官相护的结果，并下决心一定要揭开极风药业的黑幕。